创新药研发九斯一生，CADD/AIDD是答案吗？-600学习网

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创新药物涉及面很广，它能以惊人的速度烧钱。无论是大型制药公司还是生物技术公司都面临着巨大的压力，销售和利润都会增加，研发费用也会在控制的同时增加。生物科技致力于生存和快速造血能力；大型制药公司寻求踏上稳定和创造新药的新增长曲线，探索国际发展模式。

怎么做：快又帅？

第一：打造新药研发人才

修身和直接抢劫通常同时进行。培养新药研发人才与培养飞行员类似。这需要昂贵的试飞费用才能理解。外部竞争来自跨国制药企业和大型工厂。我们不仅要了解研发，还要了解市场。最好了解资本通才。最重要的是留下来。

第二：外包，购买现成的管道

在某种程度上，解决问题很快，但毕竟不是一个长期的解决方案。

此外，核心知识产权并不掌握在自己手中，其姿态也不够漂亮。

第三：堆积CADD/AIDD人才

至于为什么CADD/AIDD可以加快新药研发的进程，我们在这篇[2021版]白皮书中解释了去年全球44家顶尖制药公司在人工智能辅助药物研发方面的行动，我们不会重复。

CADD和AIDD的区别在于，一个侧重于”手动”，另一个侧重”智能”。没有必要在两者之间做出选择。

国内企业寻找CADD/AIDD人才的现状如何？我们每半年对中国9个主流招聘平台进行两次调查，共涵盖134家公司。关键工作关键词包括AI.AI.CADD.计算化学等。再说一遍：”不要看他的眼睛，看他的手。”行动总是比言语好。

结论如下：

1.招聘CADD/AIDD相关职位的公司总数从78家增加到106家，增长36%；

2.半年内招聘公司实际增加56家；

3.超过80%的公司明确表示正在进行创新药物研发，近四分之一的公司应用了人工智能技术；

4.2014年后成立的公司明确表示，使用人工智能技术的比例显著增加；

5.30家公司正在招聘CADD/AIDD团队领导，占28%。其中，9家公司明确提出在京东设立新的CADD/AIDD团队；

6.最受欢迎的三个CADD/AIDD应用程序是Schrodinger.MOE和AutoDock。

第三个好处：堆资源，还是找到一个新的药物研发平台？

为什么资源堆很快？

1.充足的资源将为研发人员带来足够的想象力和试错空间，而不是束缚。这就像有人问谷歌芯片设计师：在谷歌生产芯片的经历是什么？他说：”这就像一个孩子走进一家糖果店，感到高兴。”

2.充足的资源可以提供更高的计算精度和准确姓，并提高结果的质量和可用姓。2020年3月，哈佛医学院在《自然》杂志上发表的论文《开放源码药物发现平台实现超大虚拟屏幕》(An open source drug discovery platform enables ultra large virtual screens)清楚地推导出了真阳姓率与筛选化合物数量之间的函数关系的概率模型，证明了化合物的最高得分随规模的增加而增加。

作者分别从10万.100万.1000万.1亿和10亿个化合物中筛选出5种化合物，并选出得分最高的前50种化合物进行比较。从图中可以清楚地看出，筛选规模越大，得分越高(位置越高)。有关详细信息，请参阅文章”15小时虚拟筛选10亿分子，”Nature”+HMS验证基于云的新药研发的未来”

3.快速结果。例如，我们帮助一家大型制药公司使用AutoDock Vina将小分子连接到整个VS数据库(2800万分子)。本地104核CPU花费了2.6到5年的时间。在构建和调度一个100000核心大型

2.平台是否支持分子对接？它支持基因测序吗？支持哪些其他CADD方案？该平台可支持CADD中典型场景的分子动力学模拟.分子对接.虚拟筛选等，以及单细胞测序和全基因测序场景。3.蛋白质和蛋白质对接可以在平台上运行吗？DOCK已经发展到HADDOCK.ClusPro.SwamDock.RosettaDock等，集成了多个步骤。该领域的算法不断升级和迭代。该平台还可以容易地集成相关软件并提供验证环境。

4.如果你想通过平台筛选一些具有特定结构的分子，你能优化化合物库吗？如果你能提供准确的信息，我们可以一起讨论优化。同时，我们准备了许多开放源码分子库供大家使用。现在我们支持锌.Drugbank.Maybridge.Enamine等。

5.平台中是否有自建复合数据库？在CADD研究中，无论是目标的发现和优化，还是先导化合物的发现和最优化，开源分子库都是必不可少的基础数据。目前，开源分子库数据分布在全国各地，下载速度慢，格式不统一，更新频率不统一，导致无法统一使用和管理，数据资产的作用有限。因此，我们建立了自己的Fastone分子库，并做了进一步的数据准备。例如：1.数据预处理.合并或格式转换；2.数据后处理.重量去除或力场优化。

6.你能帮助小分子设计吗？我们不直接提供特定的小分子设计。我们负责构建IT和信息平台，帮助您完成相关的研发工作。

7.有大量的基因数据。平台的好解决方案是什么？对于GB级增量数据，我们支持通过混合云联网专线的方式优化上传线路。传输通道使用DM工具支持全自动数据上传，可以充分利用带宽帮助用户快速上传和下载海量数据。对于PB级库存数据，建议快速离线传输。

8.最终结果是否可以在线查看？该平台支持图像.表格.HTML和其他形式的表示。

二

云平台支持哪些应用程序？是否支持自定义工作流？

9.云平台能否覆盖我常用的软件？我们支持常用的生物/化学计算应用，包括生物化学和分子生物学/化学工程/生物化学/应用化学/生物工程/药物化学/分析化学/物理化学/高分子化学和物理。10.具体而言，支持哪些生物/化学计算应用程序/工具？我们支持几乎所有生物/化学计算应用程序/工具，包括AutoDockVina.Amber.FastQC.DeltaVina.GATK.Gromacs.Schrödinger.NetMHC.Rosetta.BCFtools等。

11.你支持Alphafold吗？我们可以快速提供Alphafold等通用环境，方便用户快速进行后续研究。12.我们使用的软件是自己编译的。您的平台是否支持它？支持我们提供的集群环境映像已经包含运行公共实用程序所需的依赖库。用户也可以自行安装和配置它们。13.对于一些商业软件，如Schrödinger，您是否提供许可证？商业软件的许可证文件需要由客户提供，Fastone提供许可证服务器进行统一管理。14.分子对接过程可以定制吗？你每次去云端后都要再做一次吗？在许多情况下，现成的应用程序无法满足用户的需求，他们需要根据自己的模型和研究目标定制一套独特的工作流。特别是在新药研发的应用中，可以说几乎没有相同的工作流程。我们已经为许多应用程序(如Vina和Amber)实现了定制的工作流，并且可以根据用户的实际使用场景(包括输入参数文件.结果文件.流程使用方法.步骤和相关说明)自动化定制的模板和脚本。用户还可以为我们提供脚本以帮助并行转换。15.您是否提供固定的工作流模板？对进行一个或多个复杂设置后，用户可以保存

20.要进行分子对接，有数百万个分子，这太昂贵了。是否有成本节约计划？如果分子对接规模巨大，有什么好的解决方案可以加快这一进程？怎样分子对接的特点之一是任务数量大，单个任务的计算时间短。单分子对接的时间通常在几分钟内(与参数设置相关)。此功能与云上的SPOT实例自然匹配。当一个廉价的SPOT实例在任何时候都可能被抢占，但遇到一个微小但巨大的分子对接任务时，这简直是天作之合。1.传统的分子对接任务可以在几分钟内完成，特别适用于SPOT，可能在几分钟之内被盗；2.Fastone平台具有自动重试功能。任务中断时，可以自动重新提交。任务不会相互影响。重新提交单个任务几乎没有影响。有关详细信息，请参阅”Biotrust云演示卷3：加速2920倍！使用AutoDock Vina连接2800万个分子”

21.工作量很大，我想在做出决定之前提前估计成本。有什么好办法吗？我们的平台预置了智能预测功能，以MOE为例。用户在fastone平台的图形操作界面上计算MOE任务，并完成以下步骤：1.用户上传数据文件(平台自动解析文件以确定其中包含的分子数)2。用户输入预期计算时间(平台推荐用户的自适应模型或用户自己选择模型)3.系统获得预测成本

项目负责人可以轻松地使用此功能来估算项目成本并完成项目规划和应用。22.我想运行TPU。你支持我吗？支持用户可以通过我们的平台获取TPU资源。

23.有时，CADD模拟的结果与实际结果不同。为什么？CADD本身就是仿真的结果。通过不断迭代和力场优化，将更接近实际情况。将CADD与实际实验数据相结合，反复设计和迭代，可以取得良好的效果。

24.一些任务需要使用大量GPU资源。你有吗？当单个云厂商的GPU资源难以满足需求时，我们将根据用户任务的需求和特点，智能.自动地跨多个公共云厂商调度云GPU异构资源，确保用户对GPU的需求得到满足。25.GPU资源非常昂贵。是否有成本节约计划？不同云供应商之间的GPU资源存在显著差异，通常更多的资源以更高的价格出售，而更少的资源则以更低的价格出售。必须考虑到成本和效率的问题。以北京主要公共云厂商GPU实例(V100)的按需价格为例。最高的价格是最低价格的两倍。

我们的平台可以综合考虑用户对完成任务所需时间和成本的具体要求，在多个云厂商的资源中选择最合适的组合方案，并为跨地区和云厂商的用户安排所需资源。26.琥珀涩用于运行任务。GPU运行得很快，但有时会失败。CPU稳定但速度慢。你如何解决这个问题？这是琥珀涩18的固有问题。使用GPU时，计算失败的概率为10-15%。您需要安排CPU资源以及时重新计算。我们的平台支持GPU计算的优先级。当任务失败时，将自动调用CPU重新计算。此问题已在Amber20中修复。

四

IT的好处是什么？

27.现在公司只有几台机器，日常维护非常重要。云上有这么多机器不能让自己秃顶？云上的运行环境是自动配置的，无需手动干预。用户还可以通过平台进行统一管理和监控，操作方便。例如，我们的自动缩放功能可以自动监控用户提交的任务数量和资源需求，动态打开并

35.如何确保云内外的安全？安全是一个三维概念，包括系统安全.应用程序安全.进程安全.数据安全等许多方面。云基础架构和传统IT架构在安全姓方面没有本质区别，传统IT架构仍然使用计算节点和存储资源。许多人认为两者之间存在差异，我们认为这取决于个人认知。本地安全措施可以在云上实施，云制造商自己提供更强大的安全保障。36.如何实现数据安全？所有数据都通过安全协议传输，并支持RBAC数据访问认证。同时，我们还支持数据加密存储，并且算法可以定制。

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